Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego powstała z połączenie kursów rolnictwa, ogrodnictwa i leśnictwa prowadzonych przez Towarzystwo Kursów Naukowych i Muzeum Przemysłu i Rolnictwa, a zapoczątkowanych w 1906 roku. W programie tych kursów była fitopatologia, a wykładowcami byli Antoni Sempołowski, Zdzisław Zieliński i Józef Trzebiński. Na dwóch pierwszych wydziałach SGGW powstałej w 1918 roku, rolniczym i leśnym, wykładał fitopatologię Ludwik Garbowski, nie było tu jednak jeszcze katedry ani zakładu o tej nazwie. Dopiero w powołanym w marcu 1921 roku Wydziale Ogrodniczym wśród jego pierwszych zakładów był Zakład Patologii Roślin. Kierownikiem nowego zakładu został Ludwik Garbowski, który wkrótce uzyskał habilitację na SGGW z zakresu fitopatologii. Nie rozwinął on jednak działalności w naszej uczelni, organizując w tym czasie placówkę doświadczalno-rolniczą w opuszczonej właśnie przez Niemców Bydgoszczy. W tej sytuacji od listopada 1921 roku został zatrudniony zastępca profesora Wincenty Siemaszko, a zakład którego kierownictwo objął zmienił nazwę na Zakład Fitopatologii. Siemaszko został mianowany profesorem nadzwyczajnym w 1924 r., i od tej chwili, według ówczesnego prawa, istniała w SGGW katedra o tej samej nazwie. Aż do 1939 roku katedra ta była jedyną katedrą o tej specjalności w Polsce.

Profesor Siemaszko kierował Zakładem Fitopatologii SGGW aż do wybuchu wojny. Zakład mieścił się z początku w budynku przy ul. Miodowej, później został przeniesiony do Skierniewic, a w 1930 roku powrócił do Warszawy, zajmując piętro w oficynie przy ul. Hożej 74. Pracowali z nim kolejno, oprócz kierownika: Zofia Zweigbaumówna (w latach 1922-1929), Zofia Kłossowska (1922-1923), Wanda Konopacka (1923-1931), Józef Kochman (od 1931) i Tadeusz Pietkiewicz (od 1937). Zgromadzono wartościową bibliotekę mykologiczną (szczęśliwie zachowaną do dziś) i zielnik, opublikowano około 50 prac naukowych i 30 popularnych, profesor Siemaszko utrzymywał kontakty zagraniczne z najwybitniejszymi ówczesnymi fitopatologami i mykologami. Za najważniejsze w dorobku Zakładu należy uznać prace prof. Siemaszki z pogranicza mykologii i entomologii (Grzyby towarzyszące kornikom polskim, 1939; studia nad grzybami z rzędu Laboulbeniales, 1928-1934) oraz prace jego uczniów: monografie taksonomiczne polskich grzybów głowniowych (Kochman 1936) oraz grzybów z rzędu Taphrinales (ta ostatnia, wydana w r. 1928, została wykonana w PINGW w Puławach przez Krystynę Jankowską pod kierunkiem Siemaszki, który opiekował się tamtejszą pracownią fitopatologiczną). Duże było obciążenie dydaktyczne nielicznych pracowników Zakładu, prowadzących wykłady i ćwiczenia na wszystkich trzech wydziałach uczelni.

W czasie okupacji niemieckiej pracownicy Zakładu brali udział w tajnym nauczaniu. W 1943 r. zmarł prof. Siemaszko.

Do odbudowy Zakładu po wojnie przystąpił dr Józef Kochman, obejmując jego kierownictwo. Wkrótce potem zrobił habilitację, a w 1946 r. został mianowany profesorem nadzwyczajnym. Zakładem, a później Katedrą Fitopatologii kierował prawie 30 lat, trudnych ze względu na częste zmiany organizacyjne uczelni, ograniczenie swobód akademickich i podporządkowanie nauczania wpływom ideologicznym. Najważniejsze zmiany organizacyjne w tym okresie to: przeniesienie Katedry Fitopatologii z Wydziału Ogrodniczego na Wydział Rolny w roku 1951 (na szczęście po roku anulowane) i utworzenie zespołowej Katedry Ochrony Roślin, utworzenie w obrębie tej katedry Zakładu Patologii i Konserwacji Drewna (1955) przeniesionego później na Wydział Leśny, likwidacja katedr i włączenie Zakładu Fitopatologii do Instytutu Ochrony Roślin (w r. 1970), wyłączenie tego Instytutu z Wydziału Ogrodniczego (w r. 1979) jako jednostki międzywydziałowej, wreszcie reaktywowanie w r. 1982 Katedry Fitopatologii i powrót jej na Wydział Ogrodniczy. Katedra w okresie powojennym zmieniała dwukrotnie swoją siedzibę: w r. 1979 została przeniesiona z gmachu uczelni przy ul. Rakowieckiej (gdzie mieściła się od czasu zakończenia wojny) do kompleksu SGGW na Ursynowie, zajmując parter budynku nr IV przy starym pałacyku Niemcewicza (poprawiło to znacznie warunki pracy jej pracowników), a w r. 2003 przeniosła się do budynku nr 37 w nowej części kampusu uczelnianego.

Przez ponad 60 lat powojennej działalności Katedra zatrudniała 31 pracowników naukowych. Najdłużej pracowali: zatrudnieni jeszcze przed wojną Józef Kochman (do 1974) i Tadeusz Pietkiewicz (do 1951), następnie Jan Makólski (1945-1956), Zbigniew Borecki (1948-1955 i 1973-1990), Jadwiga Tomala-Bednarek (1955-1985), Teresa Rybak-Mikitiuk (1956-1964), Bogdan Nowicki (1961-2007), Bogdan Leski (1962-2000), Tomasz Majewski (1963-1965 i 1990-2006), Czesław Zamorski (1963-2006), Selim Kryczyński (1964-2006), Joanna Marcinkowska (od 1966), Małgorzata Schollenberger (od 1977), Ryszard Dzięcioł (od 1978), Marek Szyndel (od 1978), Jerzy Chełkowski (1982-1993), oraz Elżbieta Paduch-Cichal i Wojciech Wakuliński (od 1985). Kierownikami Katedry (w pewnym okresie Zakładu) byli: Józef Kochman (1945-1974), Zbigniew Borecki (1974-1990), Selim Kryczyński (1990-2006) i Elżbieta Paduch-Cichal (od 2006). Polepszenie warunków lokalowych po przeniesieniu Katedry na Ursynów, lepsze wyposażenie laboratoryjne, nowoczesna sala dydaktyczna i szklarnia zaowocowały rozszerzeniem i pogłębieniem tematyki badawczej. Katedra zatrudnia specjalistów ze wszystkich działów fitopatologii. Od dawna silnie reprezentowana jest grupa wirusologów, kontynuowane są badania mykologiczne obecne w katedrze od jej powstania, a także prace z zakresu bakteriologii; pobyt w Katedrze prof. Chełkowskiego z Poznania przyczynił się do podjęcia przez jego uczniów badań nad mykotoksynami.

Na dorobek Katedry w okresie powojennym (do roku 2006) składa się około 550 opublikowanych prac naukowych, około 790 artykułów przeglądowych i popularnych oraz 55 podręczników i skryptów. Wypromowano 526 magistrów i 22 doktorów, przeprowadzono 12 habilitacji.

W roku 1997 Katedra Fitopatologii obchodziła 75 rocznicę powstania. Z tej okazji odbyło się specjalne sympozjum oraz wyszło drukiem wyczerpujące opracowanie historii Katedry wraz z omówieniem jej dorobku.